La storia delle Egadi quale arcipelago inizia “appena” 7000 anni fa: solo allora Favignana e Levanzo si staccarono dal continente al quale erano collegate da esili strisce di terra e divennero isole. Le prime tracce dell’uomo preistorico risalgono al Paleolitico superiore (10.000 a.C.) e sono i graffiti nella grotta delle Uccerie e del Pozzo (Favignana) a quel tempo ancora appartenenti alla terraferma. Anche nel Neolitico (3.000/2.500 a.C.) risulta abitata come testimoniano i disegni parietali della Grotta del Genovese.
Nell’VIII secolo a.C. sull’isola di Favignana viveva una colonia fenicia, come dimostrerebbero le tracce di una necropoli rinvenuta nella zona di San Nicola; ancora tombe di età tardo ellenistica, una intera necropoli e iscrizioni fenicio puniche del I secolo a.C. sono state rinvenute rispettivamente in contrada Calazza, presso la Cala San Nicola e nella grotta del Pozzo: è verosimile che oltre a Mozia i Cartaginesi avessero fondato una piccola colonia anche nella dirimpettaia Favignana.
La flotta navale cartaginese trovò ridosso nelle cale sia di Marettimo che di Favignana durante la Prima e la Seconda Guerra Punica ,quando l’esercito romano, guidato da Gaio Lutazio Catulo, sbaragliò la flotta cartaginese nella battaglia finale della Prima Guerra Punica, detta appunto Battaglia delle Isole Egadi, grazie alla quale la Sicilia venne definitivamente annessa a Roma. Nel 75 a.C. Cicerone, allora pretore a Lilibeo, avrebbe acquistato e coltivato terreni nella vicina Favignana.
L’isola non fu risparmiata dai Vandali, che nel 440 al comando di Genserico la saccheggiarono dopo avere occupato Lilibeo; questa città e le tre isole vennero annesse all’Impero Romano d’Oriente nel 535. Nel corso della loro dominazione in Sicilia – IX/XII secolo – gli Arabi costruirono torri di avvistamento a Favignana (nella zona chiamata “Torretta” e dove successivamente i Normanni costruirono i forti di Santa Caterina e San Leonardo). La trasformazione delle torri saracene in castelli fu avviata nel 1120 dal re normanno Ruggero. Sotto il dominio arabo Favignana venne avviata all’estrazione del tufo, che sarebbe proseguita nei secoli successivi fin quasi ai tempi nostri.
Nel 1078 i Normanni occuparono Lilibeo e le Egadi, e favorirono la pesca del tonno assegnando i diritti ai privati, che iniziarono a gestire le tonnare. Verso la metà del XII secolo il trapanese Palmerio Abate venne nominato Signore di Favignana dagli Svevi, e la signoria fu confermata dagli Aragonesi dopo i moti del 1282 (Vespri Siciliani); Nicolò e Riccardo Abate, successori di Palmerio, nel 1341 con privilegio di Pietro II d’Aragona ebbero il dominio di Favignana, e la facoltà di calare due tonnare nel mare e nell’isola, nelle località di San Leonardo e San Nicola.
Nel 1397 l’isola tornò al Demanio Regio, e decaddero i diritti della famiglia Abate; successivamente Favignana con tutte le sue pertinenze passò sotto la Signoria di Aloisio de Carissima, e da questi agli eredi Melchiorre e Benedetto; nel 1474 la Signoria passò a Izzo Riccio, e nel 1498 il figlio di questi Andrea per difendere l’isola dagli attacchi dei pirati fece potenziare il Castello di Santa Caterina e avviò la costruzione del Castello di San Giacomo, attuale carcere.
Nel 1533 il corsaro Barbarossa, in navigazione da Algeri a Costantinopoli, fece tappa a Favignana; in questo secolo la Signoria delle Egadi appartiene ai discendenti di Giovanni La Nuzza. Nel 1570 la Proprietà delle Egadi passò al Vicerè don Ferrante D’Avalos, marchese di Pescara; nel 1590 gli subentrarono i Baroni Filingeri; nel primo trentennio del 1600 proprietario risulta il genovese Giacomo Brignoni.
La prima grande svolta per l’economia delle Egadi si ebbe nel 1637 , la Regia Corte vendette le isole con le rispettive pertinenze e tonnare a Camillo Pallavicino per la somma di 500 scudi. I Pallavicino, successivamente imparentatesi con i Rusconi, diedero il via alla storia moderna delle Egadi. Nel 1640 in località Sant’Anna venne costruito il primo nucleo di case, attorno al quale sarebbe successivamente sorto il paese di Favignana (fino ad allora gli abitanti vivevano nelle grotte).
Nel 1651 le isole vennero elette a “Contea di Favignana”, con il privilegio di re Filippo II in quello stesso anno i pescatori trapanesi trovarono i più ricchi banchi di corallo nel mare delle Egadi. Nel 1733 il mare delle tre isole fu sottoposto a uno stretto controllo da parte del Capitano di Giustizia di Favignana, su incarico della Deputazione di Trapani, per evitare che si facesse mercato delle merci o sbarcassero uomini provenienti da Tripoli, dov’era scoppiata la peste.
Nel 1764 venne ultimata l’attuale chiesa Madrice di Favignana , dove nel 1798 si fermò per due giorni Napoleone diretto in Egitto. Nel 1841 sbarcò a Favignana l’uomo la cui famiglia avrebbe reso ricche e conosciute in tutto il mondo le isole Egadi: Vincenzo Florio , che prese in affitto dai marchesi Pallavicino- Rusconi le tonnare di Favignana e Formica, da allora e per quasi cento anni la storia delle isole ha coinciso con quella della famiglia Florio.